El Consejo de Administración del Poder Judicial del Estado de Baja California se conforma de manera plural con el objetivo de asegurar equilibrio y legitimidad en la toma de decisiones. Está presidido por la Magistrada Presidenta o el Magistrado Presidente del Tribunal Superior de Justicia, quien también funge como Presidente del propio Consejo. Se suma una Consejera o un Consejero designado por la Gobernadora o el Gobernador del Estado, otra Consejera o Consejero nombrado por el Congreso del Estado y dos integrantes designados por el Pleno del Tribunal Superior de Justicia. De esta manera, el órgano colegiado refleja la participación de los tres poderes públicos y garantiza que su administración responda a un interés compartido. La duración en el cargo de las consejeras y consejeros es de cuatro años, improrrogables.

Cada nueva designación se da a conocer públicamente a través del portal institucional, donde se publica la fotografía y el currículum vitae de la persona nombrada, lo que permite a la ciudadanía conocer con transparencia a quienes forman parte de este órgano.

El Consejo cuenta, además, con una Secretaría General, encabezada por una Secretaria o un Secretario General nombrado por el Pleno. Esta figura desempeña un papel esencial: da fe de lo actuado en las sesiones, tramita los asuntos, certifica actuaciones oficiales, coordina las unidades administrativas y funge como Secretaría Técnica de las comisiones. Gracias a esta labor, el Consejo asegura continuidad, orden y transparencia en sus actividades.

Las oficinas del Consejo de Administración se encuentran en la ciudad de Mexicali, dentro del edificio del Poder Judicial. Desde esa sede se conducen las sesiones ordinarias y extraordinarias en las que se discuten y aprueban las políticas que inciden directamente en el buen funcionamiento de la justicia en Baja California.